Le Dr Elie Khalil Karouny est né à Mouallakat, Zahlé, dans la Békaa, au sein d'une famille libanaise croyante et unie. Son père Khalil travaillait aux chemins de fer et sa mère Alice Mahfouz se consacrait à sa famille. Elie et sa sœur Lena sont devenus médecins.
Très tôt, il s'intéresse à l'écriture, à la musique, au théâtre, à la spiritualité et au service des autres. Il effectue ses études au Collège Orthodoxe de l'Annonciation à Beyrouth et maîtrise l'arabe, le français et l'anglais.
Après ses études à la Faculté de Médecine de l'Université Saint-Joseph, il obtient son diplôme de médecine en 1988 puis poursuit une formation avancée en cardiologie en France, notamment à Toulouse et à Paris. Il exerce ensuite comme cardiologue interventionnel à Beyrouth.